Я хочу построить некорневую дендрограмму.Следующий код работает:
# calculate distance
newnef2 <- newnef[,4:67]
rownames(newnef2) <- newnef$ID
mydist <- dist(newnef2)
# calculate the tree
mytree<-hclust(mydist,method="ave")
dend <- as.dendrogram(mytree)
# plot tree
plot(as.phylo(mytree), type = "unrooted", cex = 0.3,
no.margin = TRUE)
Это хорошо работает и создает некорневую дендрограмму (рисунок слева).
Но я хочу покрасить ветку в соответствии с фактором, который я мог бы сделать изэтикетки.Я попытался:
mycol <- ifelse(grepl("SYL", labels(dend)), "red", "blue")
dend2 <- assign_values_to_leaves_edgePar(dend=dend, value = mycol, edgePar = "col")
plot(dend2)
Это работает (рисунок справа), но оно строит прямоугольную дендрограмму.
И когда я пытаюсь получить нерутированный график, используя следующее, это не работает...
plot(as.phylo(dend2), type = "unrooted", cex = 0.3,
no.margin = TRUE)
Знаете ли вы, как создать некорневую дендрограмму с цветной ветвью?
Спасибо!
Мюриэль
