Если у вас есть доступ к удаленному файловому серверу по SMB-протоколу, вы можете использовать оболочку smbclient, вызвав ее с php.
Первый : установите smbclient на свой хост
Секунда : проверьте, можно ли вручную запустить команду с терминала, и удалите файл:
smbclient YOURFILESERVER -c "del /path/to/file/to/remove"
Третий : Если все работает нормально, тогда просто используйте функцию оболочки php:
shell("smbclient $server -c \"del $filename\"")
(переменные $ server и $ filename должны быть установлены конечно)