С основами Linux,
Command1 | Command2
делает то же самое, что и
> Command1 > tempfile
> Command2 < tempfile
В вашем случае первая команда,
ffmpeg -i --r 2 -t 60 -f image2 -vcodec mjpeg pipe: a_% 0d.jpg
необходимо завершить свою обработку перед выполнением следующей команды.
aws s3 cp - s3: // ffmpegbucket-1 /
Поскольку ваша первая команда никогда не завершается и копирование в s3 никогда не начинается.
Надеюсь, что это такпомогает.