когда вы делаете filename = asksaveasfilename()
, вы вызываете функцию, и это заставляет tkinter открыть второе окно, вставьте его в функцию и, нажав кнопку, откроется второе окно
from tkinter.filedialog import asksaveasfilename
import tkinter
root = tkinter.Tk()
root.withdraw()
asksaveasfilename()