Если на сервере установлен обычный старый FTP, вы ничего не можете сделать лучше, чем проверка размера и временных меток.
FTP не имеет механизма для предоставления вам хэшей / контрольных сумм файлов, поэтому вам нужно будет сделать что-то вроде сохранения специального «файла списка», который содержит все имена файлов и хэши, или выполнения отдельного запроса через HTTP, или какой-то другой протокол.
В идеале, вы все равно не должны использовать FTP, это действительно устаревший протокол. Если у вас есть контроль над системой, вы можете использовать rsync или что-то подобное.