Вы не можете получить доступ к последовательному порту из AIR, но этот поток связывается с библиотекой, которая утверждает, что будет передавать данные через сокет: http://www.extjs.com/forum/showthread.php?t=36825
Вы не сможете связать нативное приложение с установщиком AIR, вам придется связать приложение AIR с нативным приложением. Другими словами - напишите собственное приложение с собственным установщиком, который также устанавливает приложение AIR.
После того, как вы получили собственное приложение и установщик, вам нужно спросить себя, в чем заключается преимущество использования AIR. Особенно теперь, когда вам нужно написать клиент и сервер для передачи данных между ними.
Если в AIR нет какой-либо функции, которую у вас обязательно должно быть , вам, вероятно, лучше использовать кроссплатформенный набор инструментов, такой как Mono или Qt, который может обрабатывать доступ к последовательному порту. (И если вам не нужен кроссплатформенный, у вас есть еще больше вариантов.)