Без создания временного файла:
sed 's/bad//g' file | command
или если в качестве аргумента вашей команды абсолютно необходимо указать имя файла:
sed 's/bad//g' file | command -
например:
$ cat file
1
2
3
4
5
$ sed 's/3//g' file | awk '{print FILENAME, $0}'
- 1
- 2
-
- 4
- 5
Если это не то, что вам нужно (например, если вам нужно несколько раз проанализировать входной файл в вашей команде), отредактируйте ваш вопрос, чтобы уточнить ваши требования и включить краткий, тестируемый пример ввода и ожидаемый вывод.