Установлен ли базовый SDK вашей конфигурации отладки на отсутствующий SDK? Xcode получает спецификации для того, какие флаги поддерживает компилятор из настроенного базового SDK. Если он отсутствует, то Xcode не знает, для какого компилятора показывать флаги.
Ваша конфигурация отладки может работать правильно, если вы используете всплывающее окно «Обзор» для установки переопределенного SDK. Но поскольку это параметр переопределения, инспектор параметров сборки не знает об этом. Вы должны установить базовый SDK на что-то допустимое, даже если вы переопределяете его с помощью всплывающего окна Active SDK.