Нет способа приказать JaVers игнорировать поле, когда оно имеет конкретную аннотацию.JaVers не читает все аннотации в ваших классах.
Вы можете внедрить сканер аннотаций на своей стороне и затем зарегистрировать свои EntityDefinitions в JaversBuilder:
public JaversBuilder registerEntity(EntityDefinition entityDefinition)