Я не думаю, что тень можно удалить с помощью темы GTK, она нарисована композитором.Если вы используете xfwm4, чтобы отключить его, откройте настройки диспетчера окон, перейдите на вкладку «Композитор» и снимите флажок «Показывать тени в окнах док-станции».
Запуск xprop | grep TYPE и указание на панель, можно узнать, чтоего тип _NET_WM_WINDOW_TYPE_DOCK и в соответствии с спецификациями f.do :
_NET_WM_WINDOW_TYPE_DOCK указывает на функцию док-станции или панели.Обычно оконный менеджер будет держать такие окна поверх всех других окон.