Работа сервера всегда заключается в том, чтобы «отправить» новый файл cookie в браузер (в ASP.NET, установив Response.Cookies («cookie_name»)).
Я не уверен, что понимаю вашу проблему, только ваше приложение может знать, что файл cookie пользователя необходимо изменить, но обычно он не сохраняется в виде файла на сервере.