Нет, вы не можете скрыть файлы осмысленным способом.
Если вы называете файл, начинающийся с точки ("."), Они не отображаются в Finder по умолчанию, но это очень легко обойти.
Лучше зашифровать файл и расшифровать его в своем приложении.Таким образом, любопытные пользователи могут видеть файл, но не имеют никакого смысла из его содержимого.