На ваш вопрос я создал этот пакетный файл:
mkdir truedir
dir > truedir\fileone.txt
mklink /d symdir truedir
cd symdir
dir
И я не нашел проблем с получением содержимого символьной ссылки на каталог из командной строки.Также нет проблем с powershell 5.1 (win 10):
Get-ChildItem C:\Users\<user>\OneDrive\Desktop\test2\symdir
Можете ли вы дать нам пример кода (пакетный или powershell такой же), чтобы повторить вашу проблему?