Полное раскрытие, ни я, ни любые клиенты, которых я поддерживаю, не используют Duo.
При этом нет никаких документов от MS, касающихся PowerShell и MFA, использующих DUO в качестве источника для O365.
Согласно MS ...
Подключение к службам Office 365 с многофакторной аутентификацией (MFA) и PowerShell
Подключение к Exchange OnlinePowerShell с использованием многофакторной аутентификации
Нельзя использовать удаленный модуль PowerShell для Exchange Online для подключения к Exchange Online PowerShell и Центру безопасности и соответствия требованиям PowerShell в одном сеансе (окне).Вам необходимо использовать отдельные сеансы удаленного модуля PowerShell для Exchange Online.
Если вы хотите использовать многофакторную аутентификацию (MFA) для подключения к Exchange Online PowerShell, , вы не можете использовать инструкциипри подключении к Exchange Online PowerShell
https://docs.microsoft.com/en-us/powershell/exchange/exchange-online/connect-to-exchange-online-powershell/connect-to-exchange-online-powershell?view=exchange-ps
$Session = New-PSSession -ConfigurationName Microsoft.Exchange -ConnectionUri https://outlook.office365.com/powershell-liveid/ -Credential $UserCredential -Authentication Basic -AllowRedirection
для использования удаленного PowerShell для подключения к Exchange Online.
MFA требует установки удаленного модуля PowerShell Exchange Online и использования для подключения командлета Connect-EXOPSSession.
Connect-EXOPSSession -UserPrincipalName <UPN> [-ConnectionUri <ConnectionUri> -AzureADAuthorizationEndPointUri <AzureADUri>]
Настройка многофакторной аутентификации (MFA) и взаимодействие с конечным пользователем с Office 365 и PowerShell
См. Также, если вы этого еще не сделали.
Как мнеизменить формат имени пользователя, отправляемого в Duo?