Я использую DI в проекте CF 2.0 и не видел проблем с производительностью. Или любые другие вопросы по этому вопросу. Но мой DI-подход довольно прост в том, что я ищу определенный интерфейс в DLL, указанной в файле конфигурации, а затем загружаю его. я не уверен, какой вид накладных расходов будет представлен на компактной платформе.