Ну, то, что вы в основном описываете, соответствует нахождению расстояния до начала координат для точки в трехмерном пространстве, формула для которой:
![formula](https://i.stack.imgur.com/TvhwV.png)
Исходя из этого, точка [1, 1, 1]
действительно ближе к началу координат, чем [0, 2, 1]
:
![formula-1](https://i.stack.imgur.com/Jol9S.png)
![formula-2](https://i.stack.imgur.com/nSbII.png)
В PHP вы можете рассчитать расстояния следующим образом:
$sets = [[4,5,6], [0,2,1], [1,3,0], [1,1,1], [0,1,3], [5,4,3]];
$distances = array_map(function ($i) {
return sqrt($i[0]**2 + $i[1]**2 + $i[2]**2);
}, $sets);
print_r($distances);
Нахождение ближайшей точки становится тривиальным.