Итак, я нашел способ сделать это с помощью SQLite3 в python, я добавлю его здесь на случай, если кто-нибудь найдет эту страницу и ему понадобится помощь.Чтобы очистить после удаления, я просто выполнил эти три команды.
self.con = sqlite3.connect(databasename) # Open the database in sqlite
self.con.execute("VACUUM") # Execute the vacuum command
self.con.close() # Close the database
Если у кого-то есть лучший способ сделать это, свойственный SQLAlchemy, пожалуйста, сообщите нам!