Мне удалось заставить GitHub правильно пометить мой проект.
1) Добавьте новый файл с именем .gitattributes
на корневом уровне в основную ветку в своем хранилище
2) Добавьте следующие строки в файл
*.java linguist-detectable=true
*.js linguist-detectable=false
*.html linguist-detectable=false
*.xml linguist-detectable=false
Сохраните и обновите ваш браузер.Вы сможете увидеть, что ваш Java-проект помечен правильно.Также вы можете добавить больше типов файлов, которые будут игнорироваться.
Пример файла .gitattributes для моего проекта Java-примеров на GitHub
Подробнее в этом сообщении в блоге