RInside - Оборачивание функции C ++ для использования в функции R - PullRequest
Новая
       14

RInside - Оборачивание функции C ++ для использования в функции R

0 голосов
/ 11 декабря 2018

Я хочу использовать библиотеку R cmaes (Covariance Matrix Adaptation Evolutionary Strategy) в программе на C ++ с использованием RInside.

https://www.rdocumentation.org/packages/cmaes/versions/1.0-11/topics/cma_es

Существует реализация C ++ того же алгоритма(libcmaes), но способ обработки ограничений (который не является неотъемлемой частью алгоритма) не совпадает с реализацией R.Я раньше не использовал RInside, поэтому я использую примеры, распространяемые вместе с библиотекой, в качестве ориентира:

https://github.com/eddelbuettel/rinside/tree/master/inst/examples/standard

Как минимальный пример, скрипт R, который я пытаюсь выполнитьинтеграция в C ++ показана ниже: 

library(cmaes)

seednum<-100
set.seed(seednum, kind="Mersenne-Twister")

ctl_list[["stop.tolx"]]<-0.001

initpar<-c(7.488549, 3.403088, 7.773092, 4.331335, 1.881067)

objfun<-function(pop){

  val<-0

  for (element in pop)
  {
    val<-val+(element*element)
  }

  val
}

res<-cma_es(initpar, objfun, lower=-10, upper=10, control=ctl_list)

print(res)

Проблема, с которой я сталкиваюсь, заключается в том, что моя целевая функция (которая является аргументом функции для cma_es) написана на C ++ (и должна оставаться в C ++ по соображениям производительности),поэтому он должен быть обернут таким образом, чтобы функция R принимала его.Я не вижу ничего в примерах, чтобы достичь такой вещи.Код C ++, который у меня есть, приведен ниже: 

#include <RInside.h>            // for the embedded R via RInside

double objfun (std::vector<double> x)
{
   double val = 0.0;

   for (unsigned i = 0; i < x.size(); i++)
      val += x[i]*x[i];

   return val;
}

int main(int argc, char *argv[])
{
   try
   {
      RInside R(argc, argv);        // create an embedded R instance 

      std::string load_str = "suppressMessages(library(cmaes))";
      R.parseEvalQ(load_str);       // load library, no return value

      std::vector<double> initpar = {7.480042, 2.880649, 8.380858, 4.620689, 1.910938};

      R["initpar"] = initpar;       // or R.assign(initpar, "initpar");

      std::string seed_str = "seednum<-100; set.seed(seednum, kind='Mersenne-Twister')";

      R.parseEval(seed_str);            // Parse and evaluate, nothing to return

      std::string list = "ctl_list<-list()";

      R.parseEval(list);

      R.parseEvalQ("ctl_list[['stop.tolx']]<-0.001");

      std::string cmd = "cma_es(initpar, objfun, lower=-10, upper=10, control=ctl_list)";

      Rcpp::CharacterVector res = R.parseEval(cmd); // parse, eval + return result

      for (int i = 0; i < res.size(); i++)  // loop over vector and output
      {
         std::cout << res[i];
      }
      std::cout << std::endl;

   }
   catch(std::exception& ex)
   {
      std::cerr << "Exception caught: " << ex.what() << std::endl;
   }
   catch(...)
   {
      std::cerr << "Unknown exception caught" << std::endl;
   }

    exit(0);
}

Если бы функция C ++ передавалась в R с использованием Rcpp, то для ее передачи использовалась бы // [[Rcpp::export]], но здесь это не применимо.Вышеприведенное явно не выполняется со следующей ошибкой: 

Error in FUN(newX[, i], ...) : object 'objfun' not found
Exception caught: Error evaluating: cma_es(initpar, objfun, lower=-10, upper=10, control=ctl_list)

Итак, вопрос в том, как мне обернуть функцию C ++ с помощью RInside таким образом, чтобы ее можно было передать в функцию R?

...