Похоже, ваш модуль PyPDF2 устанавливается внутри подкаталога arcgis. Если вы добавите это в начало вашего скрипта, который должен это сделать
import sys
sys.path.append('c:\python27\argis10.5\lib\site-packages')
import PyPDF2
Если вам нужно, вы также можете посмотреть на изменение вашегоPYTHONPATH
Изменить добавление к ответу Джеффа: я добавил новую переменную pythonpath в переменные окружения, которые мне не хватало, чтобы направить консоль python в C: \ Python27 \ ArcGIS10.5 \ Lib \ site-packages