Используйте отдельную программу.
Это не нарушает существующий код - особенно важно, если в коде есть биологические знания, которые программист может не знать / понимать / тестировать.
Изменение графического интерфейса часто, через пару лет вы будете переписывать графический интерфейс для NewSuperOsToolkit (tm), но основной рабочий код не изменится. У нас есть код моделирования атмосферы, который, я уверен, был изначально написан на латинице.
У вас есть возможность запускать код движка как пакет, параллельно с MPI в облаке, и кучу других способов, о которых вы даже не думали.