Я бы посоветовал относиться к нему как к общей библиотеке - любой файл, который отличается между работой и домом, должен храниться полностью в отдельном репозитории.Тогда это не проблема.
Однако, если вы не хотите этого делать, просто используйте другую ветку.Например, пусть master представляет то, что у вас есть на работе.Создайте ветку home, а в вашей домашней ветке удалите файлы a, b и c и создайте файлы x, y и z.Внесите все свои изменения в мастера.Вы можете слиться с хозяином в дом, когда захотите, но не наоборот (хотя вы могли бы выбрать вишню, но это более продвинуто).