Есть ли способ отключить создание гиперссылки Rmarkdown при создании PDF-документа с toc: yes?
toc: yes
Вы можете использовать
output: pdf_document: toc: yes header-includes: - \hypersetup{draft}
для отключения hyperref, cf http://www.tug.org/applications/hyperref/manual.html#x1-50003.1.
hyperref