Как использовать покрытие bedtools для оценки сборки генома?

Question

Я пытался использовать команду «покрытие постели», чтобы попытаться оценить охват моей геномной сборки и наличие каких-либо инверсий и т. Д. У меня должно быть фундаментальное недопонимание о чем-то: я использовал BWA для создания файла BAM измоя иллюминация читает и справочный геном.У меня сложилось впечатление, что этот файл BAM был сравнением моих операций чтения с указанным геномом.Почему тогда мне нужно вводить геном в покрытие bedtools - не должен ли мой файл BAM уже содержать соответствующий геном?Любые предложения о том, как справиться с этим или что будет подходящим вторым входом?

Answer 1

постельное белье не требует вашего генома.вам нужен только ваш файл bam и файл размера генома.

Думаю, их имя действительно немного сбивает с толку.Хотя, если вы видите их пример для «-d»

https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/genomecov.html

«my.genome», то просто есть два столбца, первый столбец - хромосома, а второй столбец - размерколонка.

Им это нужно, если вы вводите файл bed, я думаю, они просто не удосужились специально поддержать файл bam, прочитав заголовок.