Есть ли какое-либо решение или обходной путь для этого?
Краткосрочное решение: sudo yum --security upgrade
Долгосрочное решение: Автоматические обновления безопасности чтобы вы не чувствовали себя утомленно.
Если собственно CentOS не дает вам последние исправления безопасности для PHP (как они и должны делать), используйте вместо этого репозиторий Remi, который предоставляет 5.6.38 на момент написания этой статьи.