Файловая манипуляция с файлом генома

Question

У меня есть файл генома (размер: ~ 840 МБ и 13801301 строк) следующего формата ('genome.txt')

>SL3.0ch00
AATAATAATAATAATAATAATAATAAATAAATAAATAAATAATAATAATAATAATAATAA
TAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAT
AATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAT
AATAATAATAATAATAATAATAATAATAAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAT
>SL3.0ch01
TAGAGGATCTTGGAGGAGGTTCATTGCTGCAGATATTCCATTCATCCGATTTCCTCCAAG
ATGTACCGCGATTTGAGAGAGGTATATTGGTGGGAAGGCAAAGAGAGAGATATTGTTGCC
AAGTACCTGAGTTGCCAACAAGTGAAAGTAGAGCACCAAAGTCCTGGAGGTTTGGCTCAA
ACTTTAGAACTTCTTGAATGGAAGTGGAGATAAATAACATGGACTTTATCACAGGTTTGC
>SL3.0ch02
ATGTACCGCGATTTGAGAGAGGTATATTGGTGGGAAGGCAAAGAGAGAGATATTGTTGCC
AAGTACCTGAGTTGCCAACAAGTGAAAGTAGAGCACCAAAGTCCTGGAGGTTTGGCTCAA
ACTTTAGAACTTCTTGAATGGAAGTGGAGATAAATAACATGGACTTTATCACAGGTTTGC
AAAGATCTCGAAGGCAACATGACTCTAGGTGATTTTCGATAGAATGACAAAGTCATCCCT

Я хочу удалить символы новой строки и все теги'> SL3.0ch00', чтобы в файле была одинаковая строка букв (без пробелов / новой строки / тегов).Любая помощь приветствуется.

Answer 1

Использование grep и tr:

grep -v '>' file | tr -d '\n'

Answer 2

awk 'BEGIN{ORS=""}; !/>/{print}' test.txt 

ORS - переменная разделителя выходных записей.При значении "" он удаляет \ n

! /> / Выбирает строки, которые не содержат>