Я решаю эту проблему, устанавливая второй экземпляр SQL Server, предназначенный для SharePoint, поскольку SharePoint любит иметь много контроля над базой данных и извергает все виды вещей, таких как логины, и т. д. через экземпляр, который вы действительно хотите отделить от стандартного бизнес-экземпляра.
Дополнительный бонус - несколько экземпляров SQL Server на одном физическом компьютере включены в вашу лицензию.