Здесь - сведения о настройке хранилища файлов WebLogic JMS.
Может быть эта информация об обработке единиц заказа также будет полезна.
Я не вижу ничего о размере файла, но, возможно, информация о подкачке сообщений будет полезна.
Когда я использовал JMS с постоянными сообщениями, у меня не было проблем с размером файла. Как только сообщение обработано, что происходит с его записью в файле? Разве он не должен быть удален или помечен как признанный? Конечно, размер файла не увеличивается без ограничений.