Фон графика рисуется, когда заданы его backgroundattrs.Чтобы заполнить фон, вам нужен заполненный декоратор и передать цвет либо как атрибут к заполненному декоратору, либо как backgroundattr (для применения ко всем декораторам).Отсюда
g = graph.graphxy(width=8, backgroundattrs=[deco.filled([color.gray.white])],
x=graph.axis.log(min=1e-1, max=1e4, title=r"$x$-axis"),
y=graph.axis.lin(max=5, title=r"$y$-axis"))
g.plot(graph.data.function("y(x)=tan(log(1/x))**2"))
g.writeEPSfile("axis")