Сначала вам нужно обернуть div внутри тела:
<body>
<div class="wrapper"><!--added-->
<nav>...</nav>
<div id="container">...</div>
</div>
</body>
С помощью CSS:
.wrapper{
position: relative;
overflow: hidden;
}
Далее вам нужно изменить # контейнер div "позиция: абсолютная"до" позиция: относительная"
и наконец:
nav{
height: 100%
}
На этом пути.Вы будете иметь относительный .wrapper с высотой содержимого вашей страницы и с полной высотой этого содержимого:)