Невозможно импортировать объекты rpy2.robject из среды conda в блокнот Jupyter, но в консоль

Question

Не удается импортировать rpy2.robjects в блокнот jupyter с LookupError: 'show' not found, однако импорт работает в интерпретаторе Python из командной строки с активированной средой.Как я могу заставить его работать в ноутбуке?

Я создал среду conda с установленными rpy2 и ipykernel и связал ее с jupyter через python -m ipykernel install --user --name env --display-name "env" (в активированной среде).Я посмотрел путь к среде в kernel.json по пути, указанному jupyter kernelspec list, и обнаружил, что он правильный для моей среды.Я не получаю сообщение об ошибке, когда запускаю ноутбук jupyter из активированной среды и пытаюсь импортировать rpy2.rojects.Я бы подумал, что это не должно иметь никакого значения.Кроме того, при запуске интерпретатора Python через ./python в ~home/user/anaconda3/envs/env я получаю сообщение об ошибке.Кажется, некоторые переменные среды устанавливаются по-разному при запуске ноутбука с активированной средой или без нее, но я понятия не имею, что и как.Я буду рад любым подсказкам, чтобы понять проблему.

Answer 1

Имеет значение, активирована ли среда.Вы уже указали одно решение: запустите Jupyter в активированной среде, и ядра будут наследовать соответствующие переменные среды.

У Anaconda также есть поставщик ядра, который находит ядра во всех средах conda и автоматически активирует средукогда запускается ядро.

Другой способ заключается в том, что вы пишете свою собственную спецификацию ядра, которая вызывает скрипт.В этом сценарии вы можете активировать среду conda перед запуском ядра.