Насколько я понимаю, из-за продолжительности процесса IIS завершает работу приложения, прежде чем оно сможет сделать что-нибудь стоящее.Это не означает, что IIS не может запустить внешнюю программу, которая заменит вас, поэтому в основном вы перемещаете процесс (.exe) из пространства пользователей IIS в более подходящее и многопоточное пространство пользователей.Вы можете свернуть свою собственную систему управления очередью, но в прошлом я использовал HangFire, так как он лучше подходит для этой задачи.Используя hangfire, вы можете отправить задание на преобразование файла и позволить ему обработать запрос пользователя, и вы просто поместите запись в базу данных, которая показывает состояние данных, которые преобразовывает FFMPEG.Поэтому, когда пользователь обновляет страницу, он будет запрашивать информацию в БД, а не в консольном выводе самого EXE-файла (который был бы удален из обновления.)
https://www.hangfire.io/