По вашему основному вопросу:
' Я не уверен, нужно ли это (перенос проекта на поддержку AndroidX) явно выполнять для всех флаттеров или есть способ обеспечить все новые флаттерыпроекты поддерживают AndroidX '
Я никогда не находил' Refactor / Migrate to AndroidX 'для работы.Даже на новых проектах.Я не уверен, что это вообще что-то делает.Мне всегда приходилось делать вручную даже после создания нового проекта.Я следую инструкциям руководства, но также удаляю все старые версии gradle в c: / .... gradle / wrapper / dists / gradle-???.Текущий и единственный доступный - gradle-5.1.1-all.