Это должно сделать то, что вы спрашиваете, если я правильно понимаю, у вас уже есть данные, содержащие миллисекунды.
Я не думаю, что MySQL имеет встроенную функцию миллисекунд, но мы можем использовать микросекунды вместо этого.
SELECT CONCAT(TIME_TO_SEC('15:30:15.293'), '.', TIME_FORMAT('15:30:15.293', '%f'));
Будет выведено, как показано ниже;
55815.293000