Пакет TCGA2STAT R не работает в Windows: как решить? - PullRequest
Новая
       8

Пакет TCGA2STAT R не работает в Windows: как решить?

0 голосов
/ 09 июня 2018

Как уже упоминалось в заголовке, TCGA2STAT R package не работает в Windows.(для загрузки сжатых данных TCGA с сервера широкого института)

Когда я запускаю функцию getTCGA, возникает следующая ошибка:

Ошибка: TAR не установлен в системе.Не удалось распаковать данные.

Я пытался установить cygwin, Rtools, 7zip и т. Д. На основе результатов поиска в Интернете, но ни один из них не сработал.

Я не знаю, работает ли сама Windowsпроблема.

Есть ли какое-либо решение, кроме работы в Linux?

Заранее спасибо.

Ч.Д. Ким

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 11 июня 2018

Эстер, после изменения на Sys.setenv (TAR = "C: \ Rtools \ bin \ tar") были представлены следующие ошибки:

getTCGA (болезнь = "LUSC", data.type ="RNASeq2", type = "", filter = "Y",
+ p = getOption ("mc.cores", 2L), клинический = FALSE, cvars = "OS") 

RNASeqV2 data will be imported! This may take some time!

gzip: stdin: invalid compressed data--format violated
/Rtools/bin/tar: Unexpected EOF in archive
/Rtools/bin/tar: Unexpected EOF in archive
/Rtools/bin/tar: Error is not recoverable: exiting now
Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : more columns than column names
In addition: Warning messages:
1: running command 'C:\Rtools\bin\tar -ztf "LUSC-RNAseq2GeneNorm.tar.gz"' had status 2 
2: running command 'C:\Rtools\bin\tar -zxf "LUSC-RNAseq2GeneNorm.tar.gz" "gdac.broadinstitute.org_LUSC.Merge_rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes_normalized__data.Level_3.2016012800.0.0/LUSC.rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes_normalized__data.data.txt"' had status 2 
3: In utils::untar(paste(dataset, "-RNAseq2GeneNorm.tar.gz", sep = ""),  :
  ‘C:\Rtools\bin\tar -zxf "LUSC-RNAseq2GeneNorm.tar.gz" "gdac.broadinstitute.org_LUSC.Merge_rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes_normalized__data.Level_3.2016012800.0.0/LUSC.rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes_normalized__data.data.txt"’ returned error code 2
4: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 1 appears to contain embedded nulls
0 голосов
/ 09 июня 2018

Если у вас установлено Rtools, вам может потребоваться просто указать путь к вашей установке Rtools, например 

Sys.setenv(R_GZIPCMD ="C:\\Rtools\\bin\\gzip")
Sys.setenv(TAR ="C:\\Rtools\\bin\\tar")

Это также может помочь проверить 

Sys.which("tar")

Чтобы увидеть, есть ли другая версия tar, которая может конфликтовать

...