Фильтр выбора наиболее удобен для этого,
ffmpeg -i in -vf "select='lt(mod(t,33),30)',setpts=N/FRAME_RATE/TB" -af "aselect='lt(mod(t,33),30)',asetpts=N/SR/TB" out
Фильтры выбора видео и аудио удерживают первые 30 секунд из каждых 33 секунд.Если в вашем файле нет звука, пропустите параметр -af ..
.