проект, разрабатываемый в VWD 2008 Express ... может получить доступ только к одной БД
Это не правда. Возможно, вы сможете использовать визуальный мастер только для одной базы данных (я не знаю), но вы, безусловно, можете подключиться к такому количеству баз данных, которое вам необходимо в вашем коде. После развертывания сайт asp.net даже не знает, использовали ли вы Visual Studio вообще (конечно, возможно, создать сайт с помощью блокнота), не говоря уже о том, какую версию Visual Studio вы использовали.
Во-вторых, «стандартные [таблицы], созданные платформой» могут быть созданы в любой базе данных, которую вы хотите, используя инструмент командной строки, поставляемый с Visual Studio. Просто найдите программу Aspnet_regsql.exe
.