Да, вы можете сделать что-то вроде:
Mapper.CreateMap<Source, Destination>()
.ForMember(x => x.foo, cfg => cfg.MapFrom(x => GetFooValue(x)));
И затем вы можете написать GetFooValue, чтобы вернуть все, что вы хотите.Как пример:
private string GetFooValue(int foo){
if(foo == 1)
return "A";
...
...
}