Поскольку SQL Server Management Studio открывается, это текстовые файлы .sql, которые вы пытаетесь выполнить?
Вы можете выполнить скрипт t-sql, содержащийся в файле, запустив следующую командную строку:
SQLCMD -S SQL_SERVER_NAME -d DATABASE_NAME -E -I -i "C:\QueryFile.sql" >> ResultBatch.txt
Результаты отправляются в файл ResultBatch.txt, который находится в той же папке, что и файл sql.
Создайте командный файл в папке со всеми сценариями, и он выполнит все из них:
for %%X in (*.SQL) do SQLCMD -S SERVER_NAME-d DATABASE_NAME -E -I -i "%%X" >> ResultBatch.txt