Чтение векторной информации в виде многомерного массива из файлов VTU с использованием vtkXMLUnstructuredGridReader в Python - PullRequest
Новая
       8

Чтение векторной информации в виде многомерного массива из файлов VTU с использованием vtkXMLUnstructuredGridReader в Python

0 голосов
/ 18 февраля 2019

Я пытаюсь прочитать информацию о векторном поле из файла VTU в python, используя vtkXMLUnstructuredGridReader.Считываемое векторное поле представляет собой массив размером N * 3, где N - количество ячеек, а 3 - количество компонентов вектора.Файл VTU выглядит следующим образом (без данных XML), 

<?xml version="1.0"?>
<VTKFile type="UnstructuredGrid" version="0.1" byte_order="LittleEndian" header_type="UInt32" compressor="vtkZLibDataCompressor">
  <UnstructuredGrid>
    <FieldData>
      <DataArray type="Float64" Name="timeInPs" NumberOfTuples="1" format="appended" RangeMin="600"                  RangeMax="600"                  offset="0"                   />
    </FieldData>
    <Piece NumberOfPoints="145705"               NumberOfCells="838547"              >
      <PointData Scalars="Material" Vectors="Magnetization">
        <DataArray type="Float64" Name="Magnetization" NumberOfComponents="3" format="appended" RangeMin="1"                    RangeMax="1"                    offset="48"                  />
        <DataArray type="Int32" Name="Material" format="appended" RangeMin="0"                    RangeMax="0"                    offset="4455172"             />
      </PointData>
      <CellData>
      </CellData>
      <Points>
        <DataArray type="Float32" Name="Points" NumberOfComponents="3" format="appended" RangeMin="1.0415804282e-12"     RangeMax="10.00000052"          offset="4456528"             >
          <InformationKey name="L2_NORM_RANGE" location="vtkDataArray" length="2">
            <Value index="0">
              1.0415804282e-12
            </Value>
            <Value index="1">
              10.00000052
            </Value>
          </InformationKey>
        </DataArray>
      </Points>
      <Cells>
        <DataArray type="Int64" Name="connectivity" format="appended" RangeMin=""                     RangeMax=""                     offset="6589768"             />
        <DataArray type="Int64" Name="offsets" format="appended" RangeMin=""                     RangeMax=""                     offset="20080856"            />
        <DataArray type="UInt8" Name="types" format="appended" RangeMin=""                     RangeMax=""                     offset="21531024"            />
      </Cells>
    </Piece>
  </UnstructuredGrid>
  <AppendedData encoding="base64">

. Для этого я выполнил поиск в Интернете, хотя я не смог найти подходящую документацию по этому вопросу, я нашел здесь тему по стеку ( Чтение данных из необработанного файла VTK (.vtu) ) Я попытался использовать приведенный здесь код 

import vtk
import numpy
filname = trial.vtu
reader = vtk.vtkXMLUnstructuredGridReader()
reader.SetFileName(filename)
reader.Update() 
output = reader.GetOutput()
potential = output.GetPointData().GetArray("Magnetization")
print potential

Но в качестве вывода вместо получения массива N * 3 яполучить следующее. 

  vtkDoubleArray (0x28567a0)
  Debug: Off
  Modified Time: 389
  Reference Count: 2
  Registered Events: (none)
  Name: Magnetization
  Data type: double
  Size: 24519
  MaxId: 24518
  NumberOfComponents: 3
  Information: 0x1fbab50
    Debug: Off
    Modified Time: 388
    Reference Count: 1
    Registered Events: (none)
  Name: Magnetization
  Number Of Components: 3
  Number Of Tuples: 8173
  Size: 24519
  MaxId: 24518
  LookupTable: (none)

Содержит всю информацию о поле, за исключением компонентов вектора в виде массива N * 3.

У меня два вопроса,

1) Чего не хватает в коде?

2) Есть ли какая-либо надлежащая документация по этому поводу?

1 Ответ

0 голосов
/ 19 февраля 2019

Вы импортировали пакет numpy и забыли пакет поддержки vtk numpy.Я разместил ваш пример кода и добавил недостающие строки. 

import vtk
import numpy as np
from vtk.util.numpy_support import vtk_to_numpy #thats what you need 

filname = trial.vtu
reader = vtk.vtkXMLUnstructuredGridReader()
reader.SetFileName(filename)
reader.Update() 
output = reader.GetOutput()

# apply the vtk_to_numpy function to your output. Your output should be a N*3 numpy 
# array.
potential = vtk_to_numpy(output.GetPointData().GetArray("Magnetization"))
print potential
...