Это не библиотека, но вы можете просто использовать понимание списка:
>>> B = [[1, 2], [3, 4]]
>>> matrix = [ [i, j, B[i][j]] for i in range(len(B)) for j in range(len(B[i])) ]
>>> print(matrix)
[[0, 0, 1], [0, 1, 2], [1, 0, 3], [1, 1, 4]]
Вы также можете расширить цикл for
, чтобы сделать что-то подобное, или вкладывать понимания друг в друга, если ваша матрица B
идет глубже, чем это.