Из вашего описания звучит так, как будто вы создали два разных репозитория для одного и того же кода. Это почти наверняка не то, что вы хотите сделать.
«Рабочая копия» в Subversion прикреплена ровно к одному репозиторию. Невозможно (и вы не захотите) использовать одну и ту же рабочую копию с несколькими хранилищами. Это просто не имеет смысла.
Пока ваши инструменты (TortoiseSVN, Subversive) используют совместимые форматы рабочих копий Subversion (с тем же номером версии x.y), вы сможете использовать их с той же рабочей копией и тем же хранилищем.