Есть много возможностей.Не имея больше информации, мы можем только предполагать.
Безопасный режим позволяет запускать ограниченный набор программ и серверов.Он также загружает только базовый набор драйверов.
Одна из причин, по которой у вас могут возникнуть проблемы с удалением файла, заключается в том, что файл открыт в другой программе.
Соединяя эти два факта, вполне вероятно, что у вас была программа, у которой были открыты ваши файлы, и когда вы загрузились в безопасном режиме, эта программа не запустилась, поэтому файлыне были открыты и поэтому могли быть удалены.