Используйте приведенный ниже код.
import java.util.Scanner;
public class Strings
{
public static void main(String[] args)// main function
{
String qwert[][]=new String[5][];
Scanner reader = new Scanner(System.in);
System.out.println("enter no of columns");
String arr[]= new String[5];
int t=reader.nextInt();
System.out.println("now arr input");
qwert[0] = new String[t];
for(int k=0;k<t;k++)
arr[k]=reader.next();
for(int j=0;j<t;j++)
{
qwert[0][j]=arr[j];
}
for(int b=0;b<t;b++)
System.out.println(qwert[0][b]);
}//main function ends
}//class ends
Вам необходимо инициализировать второе измерение qwert перед его использованием, иначе при его использовании будет сгенерировано исключение NullPointerException.Строка qwert [0] = new String [t]; инициализирует массив, чтобы его можно было использовать для дальнейшего присвоения значения.