Как запустить цикл для обрезки файлов fastq? - PullRequest
0 голосов
/ 11 октября 2018

У меня есть несколько файлов fastq в моей папке data / raw_data на tmux.Я хочу запустить forloop для этих файлов и обрезать последовательности на основе их показателей качества.У меня есть следующая команда для обрезки, но я не знаю, как использовать ее в цикле for.Может кто-нибудь помочь мне изменить приведенную ниже команду, чтобы она работала в формате forloop.Спасибо!

#code
TrimmomaticSE -threads 2 -phred33 data/raw_data/ERR1942280.fastq \
data/trimmed/$(basename -s .fastq ERR1942280.fastq).trim.fastq LEADING:5 \
TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:8:25 MINLEN:150
...