как сделать участок для сравнения значений rpkm

Question

У меня достаточно опыта анализа данных RNA-Seq, но я ищу новые способы визуализации данных.Я обычно использую тепловые карты и графики вулканов, но я хотел бы сделать этот график , который сделан из этой бумаги. Я могу сделать этот тип графика с преобразованными в rlog данными, прежде чем делать DEGанализ, но я хочу, чтобы цвет точек на основе статистически значимых различий выражений.

Я ищу в Интернете и не смог найти хороший способ создать этот сюжет.Заранее спасибо за любой совет.

Answer 1

Этот вопрос больше относится к биоинформатике, поэтому, возможно, лучше разместить его на биостаре.

В любом случае, возможно, вы можете нарисовать диаграмму рассеяния с пакетом "ggscatter" или "ggplot2" и цветомстатистически значимый ген с оператором if else.Пожалуйста, предоставьте образец ваших данных.