получить весь текстовый файл
files <- list.files(path=getwd(), pattern="*.txt", full.names=T, recursive=FALSE)
цикл для преобразования кодировки и его перезаписи
for(i in 1:length(files)){
input <- readLines(files[i])
converted_input <- iconv(input, from = file_encoding, to = file_encoding)
writeLines(converted_input,files[i])
}
возможные кодировки можно просмотреть с помощью команды iconvlist()