Поскольку regedit.exe создал reg-файл, я не совсем уверен, почему вы не захотите, чтобы он также выполнял импорт.
Еще одним вариантом было бы проанализировать reg-файл и затем преобразовать проанализированную информацию в прямые вызовы RegCreateKey , RegSetValue Win32 API-функций, но я подозреваю, что это будет изрядное количество усилий по написанию кода.