Вы должны использовать массив, если хотите передать несколько таблиц в from()
.
$use = Yii::app()->db->createCommand()
->select('name')
->from(['user', 'registration'])
->where('user.id=registration.user_id')
->queryRow();
В качестве альтернативы вы можете передать их в виде строки:
$use = Yii::app()->db->createCommand()
->select('name')
->from('user, registration')
->where('user.id=registration.user_id')
->queryRow();