Что произойдет, если вы нажмете CTRL-V с запятой в режиме вставки? Вы получаете запятую?
Кроме того, поскольку у вас есть эта проблема только в gvim, а не в vim, попробуйте запустить xev и набрать в нем текст, чтобы увидеть, выглядят ли события странно. (вам может понадобиться apt-get install x11-utils для xev) События, которые я получаю, выглядят так:
KeyPress event, serial 30, synthetic NO, window 0x4000001,
root 0x236, subw 0x0, time 788140933, (138,120), root:(144,139),
state 0x10, keycode 59 (keysym 0x2c, comma), same_screen YES,
XLookupString gives 1 bytes: (2c) ","
XmbLookupString gives 1 bytes: (2c) ","
XFilterEvent returns: False
KeyRelease event, serial 30, synthetic NO, window 0x4000001,
root 0x236, subw 0x0, time 788141013, (138,120), root:(144,139),
state 0x10, keycode 59 (keysym 0x2c, comma), same_screen YES,
XLookupString gives 1 bytes: (2c) ","
XFilterEvent returns: False